Honduras tiene una biodiversidad excepcionalmente alta en relación a su tamaño. Su ubicación tropical privilegiada entre dos océanos y sus condiciones topográficas crean una gran variedad de hábitats, desde bosques nublados a arrecifes coralinos, favorables para una alta diversidad de flora y fauna.
El estudio sobre Diversidad Biológica de la República de Honduras evidencia que la riqueza del país conocida hasta la fecha representa el 2,5% de la flora mundial. Existen 7,524 especies de plantas vasculares registradas en Honduras, de las cuales 244 se consideran endémicas o de distribución limitada y 35 se consideran amenazadas. La más reciente lista de aves cuenta 718 especies, de las cuales 59 están bajo amenaza nacional y 5 están en la lista de especies bajo amenaza de la IUCN (incluyendo la única ave endémica de Centro América, la Amazalia lucidae). Existen 228 especies de mamíferos incluyendo 6 endémicas y 19 especies bajo amenaza. Existen 211 especies de reptiles incluyendo 15 lagartijas y 111 anfibios incluyendo 36 endémicos. Existen 2,500 especies de insectos incluyendo 14 endémicos y un total de 672 especies de peces (Vreugdenhil et al., 2002; SERNA/DiBiO, 2001).
El 53% de la superficie de Honduras posee cobertura boscosa con diferentes grados de conservación. Los tres principales ecosistemas boscosos son el Bosque latifoliado, el Bosque de Confieras y los bosques de Mangle
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